Machos empalmados

Conectores de deslizamiento rápido T-Tap para «encajar» en un

Descargamos la secuencia del gen dsx de D. melanogaster de FlyBase (http://flybase.org/). Utilizamos el NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) para encontrar la localización y las secuencias del gen dsx en las siguientes especies: D. simulans (ID del gen: 6727147), D. mojavensis (ID del gen: 6574377), D. virilis (ID del gen: 6633147) y B. germanica17,32. También utilizamos datos públicos de RNA-seq27 (GSM694258 y GSM694259 para las hembras de D. melanogaster, GSM694260 y GSM694261 para los machos de D. melanogaster, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE28078) para analizar los eventos de splicing de dsx (Fig. 1b suplementaria) utilizando el Integrative Genomics Viewer (IGV)37. Generación de UAS-dsx

Todos los datos generados o analizados durante este estudio se incluyen en el manuscrito y sus archivos de información suplementaria. Los datos de origen subyacentes a las figuras se presentan en los Datos complementarios 1. Las imágenes de los geles sin recortar se presentan en la Fig. 9 suplementaria. Todos los demás datos pertinentes que apoyan las conclusiones de este estudio están disponibles a través del autor correspondiente, previa solicitud razonable.

¿¡¡macho a macho!??!!

Tabla 1 Estadísticas para todas las pruebas de Chi-Cuadrado. Esta tabla contiene todos los valores de Chi-Cuadrado, los grados de libertad (df) y el tamaño de la muestra (n) para cada prueba de eventos de splicing significativos en este trabajoTabla de tamaño completoComparación de splicing entre hombres y mujeres: eventos por tipoEn total, identificamos 158 eventos de splicing en el hipotálamo y 225 eventos en la hipófisis. En comparación con el hipotálamo, el aumento del 42% de la abundancia de eventos de splicing observado en la hipófisis es significativo (ChiSq p = 6,18e-4). En ambos tejidos, se identificaron más eventos en el estado de control en comparación con la condición de estrés (hip: 99 control/59 estrés, pit: 123 control/102 estrés), pero sólo la relación en el hipotálamo fue estadísticamente significativa (Fig. 1, ChiSq p: hip = 1,46e-3; pit = 0,162).

Los datos de lectura correspondientes a las aves de control están disponibles en el proyecto European Nucleotide Archive ID PRJEB16136; los datos de lectura correspondientes a las aves estresadas están disponibles en PRJEB21082. Todos los códigos para los análisis de este manuscrito se pueden encontrar en https://github.com/AndrewLangvt/Scripts/tree/master/splicing_analysis/.

Empalme de filamentos – Visión general de la instalación

La SYMPK es una proteína de andamiaje que apoya el ensamblaje de la maquinaria de poliadenilación en los transcritos nacientes y también está implicada en el splicing alternativo en algunas células somáticas de mamíferos. Sin embargo, el papel de SYMPK en las células germinales sigue siendo desconocido. Aquí, informamos de que SYMPK se expresa en gran medida en las células germinales masculinas, y que el knockout específico de Sympk en células germinales (cKO) en el ratón conduce a la infertilidad masculina. Los ratones Sympk cKODdx4-cre mostraron una reducción de la espermatogonia en P4 y casi ninguna célula germinal en P18. Los espermatocitos Sympk cKOStra8-Cre presentan defectos en la sinapsis de cromosomas homólogos, en la reparación de roturas de doble cadena de ADN (DSB) y en la recombinación meiótica. Los análisis de RNA-Seq revelan que SYMPK está asociada al splicing alternativo, además de regular las expresiones de muchos genes en las células espermatogénicas. Es importante destacar que la deleción de Sympk da lugar a un splicing alternativo anormal y a una menor expresión de Sun1. En conjunto, nuestros resultados demuestran que SYMPK es fundamental para la progresión meiótica al regular el splicing alternativo del pre-mRNA en las células germinales masculinas.

Cómo instalar los faros del mercado de accesorios empalmando los de fábrica

ResumenEl empalme alternativo del pre-ARNm («AS») amplía enormemente la diversidad del proteoma, pero se sabe poco sobre el panorama evolutivo del AS en Drosophila y cómo difiere entre las etapas embrionarias y las adultas o entre los machos y las hembras. Aquí estudiamos los transcriptomas de varios tejidos y etapas de desarrollo en machos y hembras de cuatro especies del género Drosophila. Encontramos que entre el 20 y el 37% de los genes multiexón están empalmados alternativamente. Mientras que los machos generalmente expresan un mayor número de genes, el AS es más frecuente en las hembras, lo que sugiere que los sexos adoptan diferentes estrategias de expresión para su función especializada. Mientras que el número de genes totales expresados aumenta durante el desarrollo embrionario temprano, la proporción de genes expresados que están empalmados alternativamente es mayor en el embrión muy temprano, antes del inicio de la transcripción cigótica. Esto indica que las hembras depositan una diversidad de isoformas en el óvulo, en consonancia con la abundancia de AS encontrada en el ovario. El análisis de conglomerados por niveles de expresión génica («GE») muestra principalmente conglomerados específicos por etapas en las muestras embrionarias, y conglomerados específicos por tejidos en los tejidos adultos. La agrupación de los estadios embrionarios y de los tejidos adultos basada en los perfiles de AS da lugar a una agrupación más fuerte y específica para cada especie, lo que sugiere que la diversificación del splicing contribuye a la evolución específica del linaje en Drosophila. La mayoría de los AS con sesgo de sexo encontrados en las moscas se deben a los AS en las gónadas, con poco empalme específico de sexo en los tejidos somáticos.